经历近300年的南北分裂，隋于开皇九年（589）灭陈后重新统一全国。为加强对新得江南之地的控制，开皇十一年，隋将宇文述割溧阳县之西境、丹阳县之东境新置溧水县。这是杨隋王朝留给今日高淳、溧水两区的行政建置遗产。开皇十八年，隋复并溧阳县入溧水县。至唐武德三年（620），再次析溧水县东境置溧阳县。此后，溧水、溧阳两县的建置才基本稳定下来。当时溧水县所辖相当于今高淳、溧水两区，直至明弘治五年十二月十八日（1493年1月5日）朝廷批复由溧水县西南境析分高淳县为止。这段历史足足有902年之久。有线索证明，隋代新置的溧水县治，尚设于今高淳固城之东的开化城，直到唐武德三年之后才迁至溧水在城镇（今改为永阳镇）。如果说此前的秦汉孙吴两晋南朝时期可以称作高淳历史上的“溧阳时代”，那么本单元的隋唐宋元至明弘治年间则可称为高淳历史上的“溧水时代”。

　　大约从唐代开始，古丹阳湖（或称丹阳大泽）先后分化为石臼湖、固城湖、丹阳湖3个独立的湖泊，使高淳此后拥有了“三湖之滨”的雅称。尽管唐景福元年（892），为运送军粮，杨行密部将台濛在今东坝附近的胥河之上创筑“鲁阳五堰”，以蓄水济运，但胥河东流水道继续畅通。宋元时期，胥河“五堰”时废时修，争议不断，治水者普遍希望利用“五堰”减杀下游太湖地区的洪水压力，但因其时政府大力倡导兴筑湖田，高淳域内水位自隋代以来持续下降的总体趋势没有改变。明洪武二十五年（1392），在原“五堰”之一的银林堰（今东坝附近）开建的广通石闸，及对胥河的大规模疏浚，都有利于胥河的水运航行和高淳的核心利益。永乐元年（1403），广通石闸虽改为土坝，但其坝址低薄，来往船只可以拨船过坝，汛期洪水仍能漫坝而过，境内固城湖诸水东泄之孔道并未被完全阻断。故自宋元以来，胥河在太湖、长江两大水系间水陆交通中的重要枢纽地位愈加凸显，胥河沿线邓步、东坝（今定埠附近）、银林、广通（今东坝）等市镇的商贸经济持续繁荣，包括范成大、周必大、岳珂等在内的不少文人雅士在境内的活动与诸多历史事件也都与此背景相关。

　　虽然这一时期的高淳偏处当时溧水县的南乡之地，但由于境内水域面积的逐渐缩小，湖区可供开垦的土地大量增加，高淳由此进入一个外来人口徙入及大量开垦滩涂的鼎盛时期。据旧县志及族谱记载，今高淳大姓多为这一时期徙入，境内上百座圩垾也多在这一时期始垦。相对封闭的地理单元，加之人口结构的较大变化，至少在南宋时期，高淳独特的方言系统已经逐渐形成。《景定建康志》和《至正金陵新志》的有关记载表明，宋元时期的溧水县人口持续增长，圩田数量大增，全县经济中心已逐渐转移到今高淳所在的溧水县南境的6乡。至元代元贞元年（1295），因户数超过5万，溧水县升为中州，所增加的人户应该主要在今高淳之境，在当时集庆路（今南京）所辖的诸县中一同升州的只有溧阳一县。其时溧水县教育发达，人文璀璨。据本书统计，这一时期今高淳地区通过科举考试选拔的进士人数远远超过今溧水区域，可证有关方志夸耀的溧水县“儒风蔼然，为五邑冠”，及“溧水文风最盛，贡举为多”，应该主要是指今高淳区域。

　　经过数十万年的孕育，特别是宋元明初数百年间先民的辛勤耕耘，高淳已经为即将到来的独立建县积聚了足够的力量，已经为即将揭开的历史新华章做好了充分的物质准备。